Inspektorat Daerah Provinsi Maluku bertugas membantu Gubernur membina dan mengawasi pelaksanaan urusan pemerintahan daerah, termasuk kinerja dan keuangan perangkat daerah melalui audit, reviu, evaluasi, dan pengawasan internal lainnya, serta koordinasi pencegahan korupsi dan reformasi birokrasi, untuk memastikan penyelenggaraan pemerintahan berjalan efektif dan sesuai aturan.